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Durante el siglo XVI, varios religiosos, pensadores y políticos intentaron provocar un cambio profundo y generalizado en los usos y costumbres de la Iglesia Católica en la Europa Occidental, especialmente con respecto a las pretensiones papales de dominio sobre toda la cristiandad. A este movimiento religioso se le llamará posteriormente Reforma Protestante, por ser un intento de reformar la Iglesia Cristiana buscando la revitalización del cristianismo primitivo y que fue apoyado políticamente por un importante grupo de príncipes y monarcas que "protestaron" contra una decisión de su emperador.
En el siglo XV se produjo una gran crisis en la Iglesia Católica en Europa Occidental debido a los numerosos problemas de corrupción eclesiástica y falta de piedad religiosa. La gota que derramó el vaso fue la venta de indulgencias para financiar la construcción de la Basílica de San Pedro en Roma, que provocó finalmente que la cristiandad occidental se dividiese en dos, una liderada por la Iglesia Católica Romana, que tras el Concilio de Trento se reivindicó a sí misma como la única heredera válida de la cristiandad occidental expulsando cualquier disidencia y sujetándose por completo al dominio del Papa, y otra mitad que fundó varias comunidades eclesiales propias, generalmente de carácter nacional para, en su mayoría, rechazar la herencia cristiana medieval y buscar la restauración de un cristianismo primitivo idealizado. Esto dio lugar a que Europa quedara dividida entre una serie de países que reconocían al Papa, como supremo y único jefe de la Iglesia Católica, y los países que rechazaban las pretensiones de Roma y que recibieron el nombre de protestantes. Dicha división provocó una serie de guerras religiosas en Europa.
La Reforma Luterana:
Al principio, la Iglesia Católica no dio demasiada importancia a las ideas de Lutero, ni a sus ataques contra la doctrina de salvación por las obras, pero muy pronto tuvo que reaccionar ante las noticias que llegaban de Alemania, de que gran parte de la gente estaba desafiando el dominio de la Roma papal.
Lutero continuó atacando la venta de indulgencias y la doctrina que sustentaba tal práctica mediante escritos que la imprenta difundía por toda Alemania. Lutero hacía un llamamiento a la nobleza alemana para que negase obediencia al Papa y apoyase una reforma de la Iglesia Católica alemana; afirmaba también, de acuerdo a su interpretación de la Biblia, que todos los cristianos eran sacerdotes sin necesidad de ninguna ordenación especial y negaba la autoridad suprema del Papa sobre la cristiandad universal. Lutero criticaba así mismo los numerosos sacramentos de la Iglesia Católica, reduciéndolos a solo dos, que el pensaba eran bíblicamente fundamentados y afirmaba también que los poderes civiles debían tener plena autoridad política sobre la Iglesia Católica. Esto iba más allá de la doctrina de la salvación por la fe y suponía una auténtica amenaza para la Roma papal. Finalmente, el Papa declaró a Lutero un hereje y lo excomulgó, es decir, lo dejó separado de la comunidad de la Iglesia Católica
La Contrarreforma Católica:
Durante casi 20 años, la Iglesia Católica había visto cómo gran parte de los católicos se peleaban entre ellos en Europa y sus obispos, dejaban de reconocer al Papa como Primus inter pares o como máxima autoridad de la Iglesia Católica, y se separaban de Roma incluso algunos cardenales, en consecuencia, hubo muchos partidarios de Roma que requerían una reacción de su Iglesia Católica, que mejorase sus costumbres y corrigiera los errores que habían alimentado la Reforma Protestante. A esta reacción de la Iglesia Católica contra el protestantismo se le conoce generalmente con el nombre de Contrarreforma Católica aunque escritores católicos prefieren el término "Reforma Católica".
Aunque muchos creían que era necesario reformarse, no sabían el modo de hacerlo. Pronto, se llegó a la idea de que la mejor solución era convocar a un Concilio donde se pudiesen discutir las posibles reformas. Carlos V presionaba también a los Papas para que se convocase ese concilio con la esperanza de que la Iglesia Católica volviese a existir unificada, pero los Papas desconfiaban de las pretensiones políticas de Carlos V en Italia y no convocaron este concilio sino hasta 1545, reunión que será conocida como Concilio de Trento.
Las sesiones del Concilio de Trento van a durar casi 17 años, ya que fueron interrumpidas muchas veces, varios Papas se sucedieron en Roma y cuando dicho concilio finalizó, en
1562, ya había muerto Carlos V.